Rankraščių skyriuje saugoma per 340 tūkstančių įvairių rūšių XIII–XXI a. dokumentų lietuvių, lotynų, lenkų, Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės (toliau – LDK) kanceliarine slavų, rusų, vokiečių, anglų, hebrajų ir kitomis kalbomis. Jie suskirstyti į 340 didesnės ar mažesnės apimties archyvinių fondų. Didelė dalis medžiagos susijusi su Vilniaus universitetu ir jo istorija: įvairių universiteto laikotarpių, senojo universiteto profesorių ir šių dienų mokslininkų asmenų archyvai, disertacijų, diplominių darbų rinkiniai, etnografinių, tautosakinių ir kraštotyrinių ekspedicijų medžiaga, draugijų archyvai. Čia saugoma ir dalis Vytauto Didžiojo universiteto bibliotekos dokumentų, perduotų 1952–1953 m. Nemažą dokumentų dalį sudaro LDK teismų aktai, jos teritorijoje veikusių konfesijų, vienuolynų ir bažnyčių administravimo, pastoracinės ir edukacinės veiklos bei turto dokumentai, didikų ir bajorų šeimų archyvų fragmentai, miestų administracijos įstaigų, cechų, kitos ūkinės veiklos dokumentai, Rusijos Šiaurės Vakarų krašto gubernijų administracijos, švietimo įstaigų archyvai, redakcijų, draugijų, bažnytinių institucijų fondai ir specialieji rinkiniai (pergamentai, fotografijos, gaidos, architektūriniai brėžiniai, planai ir piešiniai, žemės planai, autografai). Vilniaus universiteto fondai F2 A. J. Čartoriskio kuratoriumas (2, 019) F3 Traktatai ir mokslo darbai (729) F13 Academia et Universitas Vilnensis (342) F24 Filomatų draugija (147) F26 Vilniaus medicinos draugija (27) F46 Vilniaus viešoji biblioteka ir Senienų muziejus (3) F67 Stepono Batoro universiteto Teisės istorijos seminaras (5) F85 Diplominiai darbai (680) F169 Vilniaus Universiteto kraštotyros klubas „Ramuva” (1) Vilniaus Universiteto muziejus (6) F97 Vilniaus Stepono Batoro Universitetas (5) F98 Vilniaus Universiteto dėstytojų dokumentų kolekcija (2) Rankraščių skyriaus sudaryti fondai F4 Inventoriai (1, 167) F5 Mišrus fondas (2, 942) F7 LDK teismų knygos (225) F23 Žemių planai (477) F45 Rankraštinės gaidos (12) F48 Autografai (336) F69 LDK dokumentai (3) F78 Piešiniai, architektūriniai planai ir brėžiniai (228) F80 Pergamentai (60) F118 Lituanika (9) F91 Literatūrinių rankraščių rinkinys (2) F35 Medžiaga archeologiniams tyrimams (2) F30 Vilniaus Magistratas (1) F72 Atskiri dokumentai (1) Asmenų fondai F8 Karpių giminė (4, 203) F11 Juozapas Kovalevskis (84) F12 J. Lelevelio archyvas (713) F16 Martynas Počobutas (369) F17 Andrius Streckis (76) F18 Kazimieras Kontrimas (74) F19 Jonas Sniadeckis (258) F20 Johanas Frydrichas Volfgangas (45) F21 Jozefas Frankas (5) F22 Mykolas Balinskis (582) F59 Sapiegų archyvas (103) F60 Radvilų archyvas (14) F65 Ambroziejus Vilgockis (1) F75 Mykolas Riomeris (21) F86 Ieva Simonaitytė (227) F102 Jonas Reitelaitis (28) F119 Marija ir Jurgis Šlapeliai (125) F154 Marija Gimbutienė (0) F179 Domas Kaunas (208) F193 Pranė Dundulienė (1) F262 Elena Moncevičiūtė-Eringienė (2) F314 Mykolas, Vaclovas ir Viktoras Biržiškos (12) F77 Edmundo Lauceviciaus dokumentu kolekcija (11) F74 Frydrichas ir Aleksandras Kuršaičiai (1) F9 Mikalojus Malinovskis (1) F38 Liudvikas Janovskis (1) F132 Paulius Galaunė (1) F64 Gorainių korespondencija (1) F39 Juozapo Zavadskio spaustuvė (1) F138 Levas Karsavinas (1) F286 Ona Šimaitė (163) F257 Steponas Kairys (1) Redakcijų, draugijų ir įstaigų fondai F56 Vilniaus Teatras (41) Bažnytinių institucijų fondai F57 Vilniaus kapitula (71) F107 Šiaulėnų bažnyčia (79) F164 Žalduko bažnyčia (73) F195 Baisogalos bažnyčia (16) F196 Bažnyčių archyvai (60) F197 Breslaujos bažnyčia (13) F201 Joniškėlio bažnyčia (59) F203 Pašušvio bažnyčia (13) F204 Skapiškio bažnyčia (24) F205 Skersnemunės bažnyčia (1) F208 Upytės bažnyčia (3) Vytauto Didžiojo universiteto fondai F1 VDU bibliotekos rankraščių rinkinys (78) F214 VDU istorijos seminaro dokumentai (28) F96 Vytauto Didžiojo uiversiteto fondas (1) Šiaulių akademijos fondai Jono Šliūpo fondo dokumentai (59) Kento valstybinio universiteto archyvas (137)