Istoriškai susiformavęs fondas Bibliotheca Academiae Vilnensis (BAV) – viena vertingiausių bibliotekoje saugomų kolekcijų. Joje – knygos iš Žygimanto Augusto, Sapiegų, G. Albinijaus, V. Protasevičiaus, M. Paco, E. Valavičiaus ir universiteto profesorių bei auklėtinių asmeninių rinkinių. Šiame fonde, kuris ypač vertingas savo istorine kultūrine prasme, yra daug mokomosios literatūros (vadovėlių), bažnytinės ir civilinės teisės veikalų, žodynų ir enciklopedijų, įvairių šalių ir visuotinės istorijos studijų, gamtos mokslų, architektūros, meno ir muzikos leidinių. Didelė dalis knygų po universiteto uždarymo 1832 metais buvo išvežta į Rusiją ir tik XX a. šeštajame dešimtmetyje iš ten sugrąžintos. Jos saugomos pagal senuosius istorinius šifrus. Dauguma šių knygų, manoma, yra Vilniaus knygrišių darbas.
