Retų spaudinių skyriuje sukaupta apie 160 tūkstančių vienetų dokumentų. Chronologinės rinkinių ribos – XV–XXI amžius. Tai didžiausia senųjų leidinių saugykla Lietuvoje, savo fondais ir reikšme galinti lygintis su garsiausiomis Rytų Europos bibliotekomis. Bibliotekai pradžią davė žymaus humanisto, Vilniaus sufragano Jurgio Albinijaus knygos bei Lietuvos ir Lenkijos valdovo Žygimanto Augusto universitetui užrašyta biblioteka. Vėliau bibliotekos fondus gausiomis dovanomis papildė iškiliausi kunigaikščių Radvilų, Sapiegų giminių atstovai, daugelis Vilniaus vyskupų, katedros kapitulos prelatai ir kanauninkai, kiti aukšti dvasininkai ir Lietuvos valstybininkai bei kultūros žmonės. Bibliotekoje saugomos didžiausios Lietuvoje inkunabulų, paleotipų kolekcijos, didžiausias pasaulyje senųjų lietuviškų knygų rinkinys, kuriame esama tokių unikumų kaip M. Mažvydo pirmoji lietuviška knyga, M. Daukšos Katekizmas, B. Vilento ir kitų lietuvių raštijos kūrėjų vieninteliai pasaulyje žinomi kūriniai, ypatingos vertės senųjų atlasų ir žemėlapių rinkinys ir senojo Vilniaus universiteto bibliotekos autentiškų knygų kolekcija Bibliotheca Academiae Vilnensis. Inkunabulai Inkunabulai (33) XVI – XX a. leidiniai XVI a. knygos (41) XVII a. knygos (267) XVIII a. knygos (297) Bibliotheca Academiae Vilnensis (278) Senosios latvių knygos (8) Kirilika (3) Graždanka (1) XIX a. knygos (5) Smulki spauda. XIX-XX a. (3) Kartografija J. Lelevelio atlasų kolekcija (403) V. Mincevičiaus kolekcija (316) V. Dargužo kolekcija (11) Žemėlapiai (4) Senosios lietuviškos knygos Senoji lietuvių raštija (221) Visuomeninės bibliotekos Medicinos draugijos biblioteka (68) Asmenų rinkiniai J. Lelevelio knygų kolekcija (403) Bibliofiliniai ir kiti leidiniai Cimelijos (17) Atmintinės gubernijų knygelės (25) Rubricėlės (23)